El tratamiento propuesto por Shaun para un paciente sin hogar lo pone a él y a Jared en la mira de Andrews. Claire intenta vencer la reticencia de Melendez a realizar una arriesgada operación cardíaca. Glassman enfrenta una difícil decisión sobre su salud.

Mientras Shaun se rebela contra Melendez para tratar a un conserje del hospital gravemente enfermo, Lim se arriesga a enfrentar una demanda por reparar la circuncisión ritual de una adolescente. Glassman ejerce una exigente supervisión al elegir un médico para su cirugía cerebral.

Mientras se enfrenta a Andrews por el agotador horario de los residentes, Claire acompaña a Melendez en el tratamiento de un paciente con infertilidad. Shaun promete quedarse con Glassman mientras se recupera de la cirugía cerebral.

Shaun recuerda su propio pasado para ayudar a un adolescente con discapacidad intelectual a enfrentar la separación de su madre. Mientras Claire debe lidiar con una escaladora adolescente lesionada y sus angustiados padres, las alucinaciones postoperatorias de Glassman lo obligan a enfrentar una tragedia personal.

Una paciente les pide a Shaun y Park guardar en secreto una cirugía de pérdida de peso que se practicó previamente. Claire y Melendez discuten sobre cómo tratar a una mujer anoréxica que necesita una cirugía de corazón.

Shaun y Morgan discuten sobre cuan seria es la infección en el dedo de un violinista. Claire hace amistad con una paciente adolescente cuyos padres temen que ella sufra de estrés por su divorcio.

Claire intenta ayudar a un compañero de la universidad con una enfermedad terminal cuando la sorprende una particular petición. Shaun y Morgan negocian los términos de un trasplante de órganos entre dos hermanos testarudos.

El paciente del Dr. Shaun Murphy, el Dr. Audrey Lim y el Dr. Claire Brown tiene que revelarle un secreto a su marido después de que su tratamiento provocó una complicación. Mientras, el Dr. Neil Melendez, el Dr. Morgan Reznick y el Dr. Alex Park enfrentan a los padres de un paciente que no creen en las vacunas.

Los doctores Neil Melendez, Morgan Reznick y Claire Brown lidian con el deseo de un paciente que busca realizar una operación que lo mantendrá alejado de sus impulsos pedofílicos; y el doctor Shaun Murphy aprende una lección sobre empatía.

El doctor Shaun Murphy y el doctor Alex Park atienden a dos pacientes que colapsaron en un aeropuerto local y cuyos síntomas apuntan a una infección potencialmente aeróbica. El personal se apresura a contener la infección antes de que se propague al resto de los pacientes en urgencias, trayendo como consecuencia una cuarentena hospitalaria durante las fiestas.

En el retorno de mitad de temporada, el hospital sigue en cuarentena mientras el doctor Shaun Murphy continua abrumado por el caos y el ruido de la sala de emergencias; la doctora Morgan Reznick lucha por mantener a sus los pacientes con vida y la doctora Audrey Lim lucha por la suya. Mientras tanto, el doctor Neil Melendez y la doctora Claire Browne deben encontrar la forma de completar el tratamiento.

Tras la cuarentena, el personal del Hospital San Jose St. Bonaventure busca regresar a su rutina común mientras el Departamento de Salud Pública decide que necesitan revisar lo sucedido para retornar la confianza pública. Mientras tanto, la doctora Audrey Lim se recupera del virus, y tanto ella como el doctor Neil Melendez revisan al nuevo personal y su relación laboral; a su vez, el Dr. Murphy y el Dr. Glassman intentan relajarse y recuperarse de sus terribles experiencias.

El Dr. Shaun Murphy, el Dr. Morgan Reznick y el Dr. Audrey Lim tratan a una mujer con autismo y una condición cerebral delicada mientras navegan por la complicada relación que tiene con su compañero de cuarto, que también está en el espectro. Mientras tanto, Lea y Shaun todavía están descubriendo su amistad y el estatus de compañero de cuarto.

El Dr. Andrews trata de convencer a una familia afligida para que done la cara de su hija adolescente a otra joven cuya cara quedó horriblemente desfigurada en un accidente.

La honesta franqueza de Shaun con una madre angustiada de un bebé recién nacido en estado crítico está causando que el nuevo jefe de cirugía le cuestione mantenerlo como residente.

El nuevo jefe de cirugía, el Dr. Jackson Han, cree que el Dr. Shaun Murphy es una responsabilidad más que un activo y trabaja para mantenerlo fuera de la sala de operaciones de forma permanente.

El Dr. Shaun Murphy está desesperado por unirse al equipo en un procedimiento peligroso que involucra la extirpación de un tumor de un paciente. Sin embargo, al haber sido retirado del equipo de cirugía por el Dr. Jackson Han, Shaun debe usar su talento para ayudar a descubrir la causa de las lesiones de un bebé.

Mientras que una pelea en el bar manda a Shaun a buscar tratamiento en St. Bonaventure, Park y Lim tienen un desacuerdo con respecto a los síntomas posoperatorios de una señora mayor. Melendez y Lim hacen público su romance, y Glassman sigue tratando de establecer una relación con una buena amiga.