Después de años de estar protegidos del mundo humano, los hermanos Turtle se propusieron ganarse los corazones de los neoyorquinos y ser aceptados como adolescentes normales a través de actos heroicos. Su nueva amiga April O'Neil los ayuda a enfrentarse a un notorio sindicato del crimen, pero pronto se vuelven locos cuando un ejército de mutantes se desata sobre ellos.